ブレークポイントを設定するなどが可能な開発モード (Development Mode) で Web アプリケーションを起動するには、 次のようにします。

プロジェクトを右クリックして、Run As → Web Application を選択します。

すると開発モードで起動します。

初回の起動時には Firewall ソフトなどが Eclipse などのネットワークアクセスをブロックするなどする可能性があります。 この場合は、全てアクセスを許可してください。

このように、URL が表示されるのでこの URL をブラウザのアドレスバーに入力します。 すると、次のように必要なプラグインのインストールが促されるのでインストールしてください。

私の環境 (Firefox) では次のように、プラグインのインストールが始まりました。

プラグインのインストールが終わって Firefox を再起動すると、次の画面が表示されます。

これは開発モードで実行されています。Eclipse で開発を行う際はこうして動作確認すると良いです。